鱼类的演化课题其实无法单 靠现代分子生物的技术来解决,因为99%迄今已灭绝的鱼类 并不能采获新鲜的组织标本来抽取DNA。如果要靠化石的地质年代来推敲,也有如瞎子摸 象,很难窥知全貌。鱼类化石的形成需要一定的物理和化学 的条件,可遇而不可求,因此 目前找到与现生鱼类有关系的化石不到10%,绝大多数鱼种并未有机会留下化石。特别是 地球上过去所历经的几次大灭绝(如前寒武纪、二迭纪至三迭纪,白垩纪至第三纪间),消灭了50〜100%浅海地区的 海洋生物,这些物种或有可能 留下化石,但生活在200公尺 以深的深海鱼类,至少有2400 种,如巨口鱼等,则完全没有化石的资料。毕竟目前所有的鱼类化石都是在只占不到30% 的陆地上被考古学家所寻获, 而占地球70%的海洋下的海底底床,则受限于现今的水下科技,尚难去发掘鱼类的化石以突破鱼类演化的谜团。